mindsponge.common

接口名

概述

支持平台

mindsponge.common.find_optimal_renaming

通过最大化LDDT值,确定具手性的氨基酸残基的最佳原子坐标。

Ascend GPU

mindsponge.common.get_aligned_seq

输入两条蛋白质序列,对序列进行对齐,分别输出对齐后的序列以及两条序列的相同位置(顺序无要求)。

Ascend GPU

mindsponge.common.get_fasta_info

给定一条蛋白质pdb文件(输入pdb文件路径),从pdb文件中获取序列信息并输出序列文本。

Ascend GPU

mindsponge.common.get_pdb_info

从pdb文件中获取原子坐标,残基序号等信息。

Ascend GPU

mindsponge.common.make_atom14_positions

本函数提供将稀疏编码方式转为稠密编码方式的功能。

Ascend GPU

mindsponge.common.geometry

接口名

概述

支持平台

mindsponge.common.apply_to_point

对输入坐标进行旋转平移变换。

Ascend GPU

mindsponge.common.initial_affine

初始化仿射变换后的四元数,旋转矩阵,平移向量。

Ascend GPU

mindsponge.common.invert_point

刚体变换组变换对点坐标的逆变换,即apply_to_point的逆变换。

Ascend GPU

mindsponge.common.invert_rigids

求解刚体变换的逆变换。

Ascend GPU

mindsponge.common.invert_rots

输入一个旋转矩阵 \(m\),输出旋转矩阵的转置矩阵。

Ascend GPU

mindsponge.common.make_transform_from_reference

使用施密特正交化方法构造骨架的旋转矩阵和平移向量。

Ascend GPU

mindsponge.common.pre_compose

利用旋转矩阵rotation和辅助矩阵update更新输入的四元数quaternion和平移向量translation,并进行新的仿射变化过程,得到更新的平移向量。

Ascend GPU

mindsponge.common.quat_affine

基于旋转矩阵与平移向量生成仿射变换。

Ascend GPU

mindsponge.common.quat_multiply_by_vec

计算四元数与纯向量四元数的乘积。

Ascend GPU

mindsponge.common.quat_to_rot

将四元数转化为旋转矩阵。

Ascend GPU

mindsponge.common.quaternion_from_tensor

利用输入的 tensor \([(xx, xy, xz, yx, yy, yz, zz)]\) ,进行仿射变换得到新的 quaternionrotationtranslation

Ascend GPU

mindsponge.common.quaternion_to_tensor

将输入的四元数变为Tensor。

Ascend GPU

mindsponge.common.rigids_from_3_points

Gram-Schmidt正交化过程。

Ascend GPU

mindsponge.common.rigids_mul_rigids

把刚体变换 \(b\) 从它所在局部坐标系中变换到刚体变换 \(a\) 所在局部坐标系中。

Ascend GPU

mindsponge.common.rigids_mul_rots

使用旋转矩阵 \(\vec y\) 对刚体变换 \(x\) 进行旋转。

Ascend GPU

mindsponge.common.rigids_mul_vecs

把向量 \(\vec v\) 旋转平移到刚体变换的局部坐标系中。

Ascend GPU

mindsponge.common.rots_expand_dims

对旋转矩阵 rots 的各个部分在指定的轴上添加额外维度。

Ascend GPU

mindsponge.common.rots_from_tensor

输入tensor,将最后两根轴对应的3*3的旋转矩阵摊平拆分,得到旋转矩阵的每个分量,rots_to_tensor的逆操作。

Ascend GPU

mindsponge.common.rots_from_two_vecs

输入两个向量 \(\vec a\)\(\vec b\) ,计算由这两个向量所构成的x-y平面所在坐标系与原始坐标系之间的旋转矩阵。

Ascend GPU

mindsponge.common.rots_mul_rots

获取两个旋转矩阵相乘结果,对目标进行两次旋转。

Ascend GPU

mindsponge.common.rots_mul_vecs

利用旋转矩阵 \(\vec m = (m_0, m_1, m_2, m_3, m_4, m_5, m_6, m_7, m_8)\) 对输入向量 \(\vec v = (v_0, v_1, v_2)\) 进行旋转。

Ascend GPU

mindsponge.common.rots_scale

对旋转矩阵进行缩放。

Ascend GPU CPU

mindsponge.common.rots_to_tensor

将以向量表示的旋转矩阵转化为tensor, rots_from_tensor 的逆操作。

Ascend GPU

mindsponge.common.vecs_cross_vecs

计算向量 \(v_1 = (x_1, x_2, x_3)\) 和向量 \(v_2 = (y_1, y_2, y_3)\) 的外积。

Ascend GPU

mindsponge.common.vecs_dot_vecs

计算向量 \(v_1 = (x_1, x_2, x_3)\) 和向量 \(v_2 = (y_1, y_2, y_3)\) 的内积。

Ascend GPU

mindsponge.common.vecs_expand_dims

将输入的v在指定的轴添加额外维度。

Ascend GPU

mindsponge.common.vecs_from_tensor

将输入表示位置信息的tensor在最后一根轴拆分,化为向量, vecs_to_tensor 的逆操作。

Ascend GPU

mindsponge.common.vecs_robust_norm

求向量的l2范数。

Ascend GPU CPU

mindsponge.common.vecs_robust_normalize

向量l2范数归一化。

Ascend GPU CPU

mindsponge.common.vecs_scale

对向量的缩放。

Ascend GPU CPU

mindsponge.common.vecs_sub

对两个向量执行减法操作。

Ascend GPU CPU

mindsponge.common.vecs_to_tensor

将向量转化为最后一维度为3的tensor,和vecs_from_tensor操作相反。

Ascend GPU