mindsponge.common.get_aligned_seq

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mindsponge.common.get_aligned_seq(gt_seq, pr_seq)[源代码]

输入两条蛋白质序列,对序列进行对齐,分别输出对齐后的序列以及两条序列的相同位置(顺序无要求)。

参数:
  • gt_seq (str) - 一条蛋白质序列,如 "ABAAABAA"

  • pr_seq (str) - 需要比对的另外一条序列,如 "AAABBBA"

返回:
  • aligned_gt_seq (str) 一条蛋白质序列。

  • aligned_info (str) 两条序列的不同点。

  • aligned_pr_seq (str) 另一条蛋白质序列。

支持平台:

Ascend GPU

样例:

>>> from mindsponge.common import get_aligned_seq
>>> gt_seq = "ABAAABAA"
>>> pr_seq = "AAABBBA"
>>> aligned_gt_seq, aligned_info, aligned_pr_seq = get_aligned_seq(gt_seq, pr_seq)
>>> print(aligned_gt_seq)
ABAAABAA
>>> print(aligned_info)
|-||.|.|
>>> print(aligned_pr_seq)
A-AABBBA