restype_atom14_to_rigid_group
21种氨基酸按照稠密编码方式,每种氨基酸中所包含原子所属的刚体变换组,shape为 \((21, 14)\)。
- 8种group为
0 - backbone-group 氨基酸 \(N-C\alpha-C-C\beta\) 原子之间的扭转角 backbone 对应主链刚体变换组,CA为坐标原点,C在x轴正向,N在X-Y平面。
1 - pre-omega-group 氨基酸 \(N_i-C\alpha_i-N_{i-1}-C\alpha_{i-1}\) 原子之间的扭转角 pre-omega 对应刚体变换组。
2 - phi-group 氨基酸 \(C_i-C\alpha_i-N_i-C_{i+1}\) 原子之间的扭转角 phi 对应刚体变换组。
3 - psi-group 氨基酸 \(N_{i-1}-C_i-C\alpha_i-N_i\) 原子之间的扭转角 psi 对应刚体变换组。
4 - chi1-group
5 - chi2-group
6 - chi3-group
7 - chi4-group
chi1,2,3,4-group 在 chi_angle_atoms 相应氨基酸的相应扭转角中,扭转角由四个原子[A,B,C,D]的坐标确定,中间两个原子B,C为旋转轴,在x轴上;第3个原子C为坐标原点,原子B在x负半轴;第1个原子A在xy平面,从而确定该坐标下第4个原子坐标。
from mindsponge.common import residue_constants
print(residue_constants.restype_atom14_to_rigid_group)