HHBLITS_AA_TO_ID

使用hhblits约定将氨基酸映射到对应编号,对一些未明确定义的单字母符号映射为确定值,如B可以表示天冬氨酸也可表示为天冬酰胺,这里规定B与D编号相同, 表示天冬氨酸(ASP),而J,O与X编号相同,表示未知氨基酸,U与C编号相同表示半胱氨酸(CYS),Z与E编号相同表示谷氨酸(GLU),’-‘表示缺失氨基酸。 除B、J、O、U、Z外,其余字母按顺序编号,字母含义与 restype_1to3 中的含义对应。

key

value

A

0

B

2

C

1

D

2

E

3

F

4

G

5

H

6

I

7

J

20

K

8

L

9

M

10

N

11

O

20

P

12

Q

13

R

14

S

15

T

16

U

1

V

17

W

18

X

20

Y

19

Z

3

-

21