sponge.control.Controller ============================= .. image:: https://mindspore-website.obs.cn-north-4.myhuaweicloud.com/website-images/r2.2/resource/_static/logo_source.svg :target: https://gitee.com/mindspore/mindscience/blob/r0.5/MindSPONGE/docs/api/api_python/control/sponge.control.Controller.rst :alt: 查看源文件 .. py:class:: sponge.control.Controller(system: Molecule, control_step: int = 1, **kwargs) MindSPONEG的控制器模块中的基类。 在 `Updater` 中使用 `Controller` 用于控制仿真过程中的七个变量,包括坐标、速度、力、能量、动力学、维里和PBC box。 参数: - **system** (Molecule) - 模拟系统。 - **control_step** (int) - 控制器执行的步骤间隔。默认值:1。 - **kwargs** (dict) - 其他参数,用于扩展。 输入: - **coordinate** (Tensor) - shape为 `(B, A, D)` 的Tensor。数据类型是float。 - **velocity** (Tensor) - shape为 `(B, A, D)` 的Tensor。数据类型是float。 - **force** (Tensor) - shape为 `(B, A, D)` 的Tensor。数据类型是float。 - **energy** (Tensor) - shape为 `(B, 1)` 的Tensor。数据类型是float。 - **kinetics** (Tensor) - shape为 `(B, D)` 的Tensor。数据类型是float。 - **virial** (Tensor) - shape为 `(B, D)` 的Tensor。数据类型是float。 - **pbc_box** (Tensor) - shape为 `(B, D)` 的Tensor。数据类型是float。 - **step** (int) - 模拟步数。默认值:0 输出: - 坐标,shape为 `(B, A, D)` 的Tensor。数据类型是float。 - 速度,shape为 `(B, A, D)` 的Tensor。数据类型是float。 - 力,shape为 `(B, A, D)` 的Tensor。数据类型是float。 - 能量,shape为 `(B, 1)` 的Tensor。数据类型是float。 - 动力学,shape为 `(B, D)` 的Tensor。数据类型是float。 - 维里,shape为 `(B, D)` 的Tensor。数据类型是float。 - 周期性边界条件PBC box,shape为 `(B, D)` 的Tensor。数据类型是float。 .. note:: - **B** - Batch size。 - **A** - 原子总数。 - **D** - 仿真系统的空间维度。通常是3。 .. py:method:: boltzmann() :property: 获取当前单元中的玻尔兹曼常数。 返回: float。当前单元中的玻尔兹曼常数。 .. py:method:: get_com(coordinate: Tensor, keepdims: bool = True) -> Tensor 计算质心坐标。 参数: - **coordinate** (Tensor) - 原子坐标的Tensor。shape为 `(B, A, D)` 。数据类型为float。 - **keepdims** (bool) - 如果为True,在结果中保持第二根轴对应的维度且长度为1。默认值: ``True`` 。 返回: Tensor。质心坐标。shape为 `(B, A, D)` 或 `(B, D)` 。数据类型为float。 .. py:method:: get_com_velocity(velocity: Tensor, keepdims: bool = True) -> Tensor 计算质心速度。 参数: - **velocity** (Tensor) - 速度的Tensor。shape为 `(B, A, D)` 。数据类型为float。 - **keepdims** (bool) - 如果为True,在结果中保持第二根轴对应的维度且长度为1。默认值: ``True`` 。 返回: Tensor。质心速度。shape为 `(B, A, D)` 或 `(B, D)` 。数据类型为float。 .. py:method:: get_kinetics(velocity: Tensor) -> Tensor 根据速度计算动力学。 参数: - **velocity** (Tensor) - 原子速度的Tensor。shape为 `(B, A, D)` 。数据类型为float。 返回: Tensor,动力学。shape为 `(B, A, D)` 。数据类型为float。 .. py:method:: get_pressure(kinetics: Tensor, virial: Tensor, pbc_box: Tensor) -> Tensor 根据动力学,维里和周期性边界条件计算压力。 参数: - **kinetics** (Tensor) - 动力学的Tensor。shape为 `(B, D)` 。数据类型为float。 - **virial** (Tensor) - 维里的Tensor。shape为 `(B, D)` 。数据类型为float。 - **pbc_box** (Tensor) - 周期性边界条件box的Tensor。shape为 `(B, D)` 。数据类型为float。 返回: Tensor。根据动力学,维里,周期性边界条件box计算压力。shape为 `(B, D)` 。数据类型为float。 .. py:method:: get_temperature(kinetics: Tensor = None) -> Tensor 根据速度计算温度。 参数: - **kinetics** (Tensor) - 动力学的Tensor。shape为 `(B, D)` 。数据类型为float。默认值:"None"。 返回: Tensor,温度。shape为 `(B)` 。数据类型为float。 .. py:method:: get_volume(pbc_box: Tensor) -> Tensor: 根据周期性边界条件box计算容积。 参数: - **pbc_box** (Tensor) - 用于计算容积的周期性边界条件。shape为 `(B, D)` 。数据类型为float。 返回: Tensor,容积。shape为 `(B)` 。数据类型为float。 .. py:method:: set_degrees_of_freedom(dofs: int) 设置自由度(DOFs)。 参数: - **dofs** (int) - 自由度。 .. py:method:: set_time_step(dt: float) 设置模拟单步时间。 参数: - **dt** (float) - 单步时长。 .. py:method:: update_coordinate(coordinate: Tensor) -> Tensor 更新模拟系统的坐标。 参数: - **coordinate** (Tensor) - 原子坐标的Tensor。shape为 `(B, A, D)` 。数据类型为float。 返回: Tensor。更新后的坐标的Tensor,shape和数据类型与原来一致。 .. py:method:: update_pbc_box(pbc_box: Tensor) -> Tensor 更新周期性边界条件box的参数。 参数: - **pbc_box** (Tensor) - 周期性边界条件box的Tensor。shape为 `(B, D)` 。数据类型为float。 返回: Tensor。更新后的PBC box的Tensor,shape和数据类型与原来的 `pbc_box` 一致。