mindsponge.common.find_optimal_renaming ======================================= .. py:function:: mindsponge.common.find_optimal_renaming(atom14_gt_positions, atom14_alt_gt_positions, atom14_atom_is_ambiguous, atom14_gt_exists, atom14_pred_positions) 通过最大化LDDT值,确定具手性的氨基酸残基的最佳原子坐标。具体计算过程参考: `Jumper et al. (2021) Suppl. Alg. 26 "renameSymmetricGroundTruthAtoms" `_ 。 参数: - **atom14_gt_positions** (Tensor) - 全局坐标系中的真实原子坐标值,采用atom14表示,shape为 :math:`(N_{res}, 14, 3)`。 - **atom14_alt_gt_positions** (Tensor) - 备选的真实原子坐标,部分氨基酸存在手性,因此使用手性对称的位置作为备选真实原子坐标值,shape为 :math:`(N_{res}, 14, 3`)。 - **atom14_atom_is_ambiguous** (Tensor) - 掩码表示是否是手性原子中,shape为 :math:`(N_{res}, 14)` 。 - **atom14_gt_exists** (Tensor) - 掩码表明真实结构中原子是否存在,shape为 :math:`(N_{res}, 14)` 。 - **atom14_pred_positions** (Tensor) - 全局坐标系中预测得到的原子坐标值,shape为 :math:`(N_{res}, 14, 3)` 。 返回: Tensor。 `atom14_alt_gt_positions` 与 `atom14_pred_positions` 更接近的位置为1,否则是0,shape为 :math:`(N_{res},)` 。