MindSpore SPONGE

介绍

从精准药物设计、蛋白质结构预测到个性化医疗，AI正在重塑生命科学的研究范式，极大地加速了科学发现的过程。然而，这一融合也对底层计算工具提出了更高要求：传统的模拟软件难以满足AI模型训练与大规模生物数据处理的效率需求。

MindSpore SPONGE(Simulation Package tOwards Next GEneration molecular modelling)是基于昇思MindSpore的AI计算生物领域套件，包含蛋白质结构、序列及功能预测、基因组结构及语言模型等通用模型应用，旨在于为广大的科研人员、老师及学生提供高效、易用的AI计算生物软件。

重要消息

  • 🙌[置顶] [进行中] 2025 MindScience开源实习任务火热进行中！持续发布新任务，欢迎大家认领~！！[活动详情]

  • 🔥2025.12.23 基于MindSpore的Protenix推理及训练发布，支持2K序列！[代码]

  • 🔥2025.11.6 基于MindSpore的RFdiffusion推理发布，支持抗体设计，性能持续提升中！[代码]

  • 🔥2025.09.15 昌平实验室、北京大学高毅勤、刘思睿团队发表基于MindSpore训练的GRASP模型收录《Nature Methods》。该模型整合多源实验信息实现复合物建模，抗体预测超越 AlphaFold3。[相关新闻]

  • 🔥2025.8.18—2025.8.22 MindSpore SPONGE暑期学校第五季圆满收官！[活动回放]

  • 🔥2025.7.26 基于MindSpore的DeepMind版AlphaFold3推理发布，性能持续提升中！[代码]

  • 🔥2025.05.20 基于MindSpore训练的8亿参数单细胞基础大模型CellFM重磅发布于《Nature Communications》。由中山大学杨跃东研究团队牵头，联合重庆大学曾远松团队，首次实现 1 亿级人类细胞数据高效建模，零样本细胞类型注释等任务性能全面领先。[相关新闻]

  • 2023.12.07 抗体设计天工大模型荣获“2023 AIIA人工智能十大先锋应用案例”, [相关新闻]

  • 2023.11.10 MSA生成增强模型MEGA-EvoGen论文"Unsupervisedly Prompting AlphaFold2 for Accurate Few-Shot Protein Structure Prediction"发表于计算化学期刊JCTC。[论文] [代码]

  • 2023.6.26 MindSPONGE论文"Artificial Intelligence Enhanced Molecular Simulations"发表于计算化学期刊JCTC，同时当选Most Read Articles。[论文]

  • 2023.5.31 NMR核磁共振动态蛋白质结构解析方法正式开源，详见论文Assisting and Accelerating NMR Assignment with Restrained Structure Prediction [论文] [代码]

  • 2023.1.31 MindSPONGE 1.0.0-alpha版本发布，文档介绍可参见MindSpore官网中的科学计算套件MindSPONGE模块

  • 2022.8.23 论文"Few-Shot Learning of Accurate Folding Landscape for Protein Structure Prediction" arxiv预印。[论文]

  • 2022.07.18 论文"SPONGE: A GPU-Accelerated Molecular Dynamics Package with Enhanced Sampling and AI-Driven Algorithms"发表于期刊Chinese Journal of Chemistry。[论文]

  • 2022.07.09 MEGA-Assessment在CAMEO-QE月榜取得第一名

  • 2022.04.21 MEGA-Fold CAMEO竞赛月榜第一。[相关新闻]

模型应用

结构预测

端到端

结构序列联合设计

RNA

蛋白质语言模型

功能与属性预测

小分子与相互作用

基因组/转录组语言模型

虚拟细胞

分子动力学

MindSPONGE分子动力学库 (MindSpore Simulation Package tOwards Next Generation molecular modelling)是 一款基于MindSpore开发的模块化、高通量、端到端可微的下一代智能分子模拟程序库。 [链接]

社区

MindSpore Science SIG

社区官网

MindScience是基于MindSpore融合架构打造的科学计算行业套件，包含了业界领先的数据集、基础模型、预置高精度模型和前后处理工具，加速了科学行业应用开发。

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